Munasarja tsüstide ravi sõltub tsüsti tüübist, selle põhjusest, suurusest, naise vanusest. Alates tsüsti avastamisest jälgimise kaudu kuni operatsioonini.
Enamik fertiilses eas naistel esinevatest tsüstidest on funktsionaalsed tsüstid. Need taanduvad loomulikul teel 3 kuu jooksul, kuigi võivad põhjustada tüsistusi.
Kui tsüst ei rebene või põhjustab verejooksu, on vajalik kirurgiline ravi.
Ravi võib koosneda tsüsti kahandavate ravimite, mittesteroidsete põletikuvastaste ravimite ja valuvaigistite manustamisest.
Kui tsüstid korduvad, antakse rasestumisvastaseid tablette, et vältida ovulatsiooni ja uute tsüstide teket.
Vähi kahtluse korral tehakse sageli laparoskoopia, et eemaldada tsüstid.
Kirurgiline eemaldamine hõlmab tsüsti eemaldamist sisselõike kaudu ja proovi võtmist biopsia jaoks, et välistada vähk.